Współpraca z zagranicą stanowi od lat ważny element działalności Krajowego Centrum ds. AIDS. W związku z przystąpieniem Polski do struktur Unii Europejskiej, szczególnie dużą rolę w pracach Centrum odgrywają programy europejskie realizowane w obszarze profilaktyki HIV/AIDS (w tym infekcji powiązanych z HIV) oraz chorób przenoszonych drogą płciową. Wśród nich: programy Joint Action, nakierowane na podnoszenie jakości profilaktyki HIV/AIDS oraz programy realizowane w ramach Partnerstwa Północnego Wymiaru w Dziedzinie Zdrowia i Opieki Społecznej. Centrum bierze także udział w projektach adresowanych do wybranych populacji na terenie Europy m.in. COBATEST oraz w programie wczesnej diagnostyki i leczenia EURO HIV EDAT. Realizuje także projekty szkoleniowe, w ramach polskiej pomocy rozwojowej. Krajowe Centrum na bieżąco współpracuje z organizacjami międzynarodowymi ds. zdrowia, takimi jak: WHO, UNAIDS, DG SANCO, ECDC. Od roku 1998 (z przerwami) Polska jest członkiem Rady Programowej UNAIDS (PCB UNAIDS). Krajowe Centrum uczestniczy także w szeregu projektów realizowanych we współpracy z organizacjami pozarządowymi oraz w wymianie doświadczeń w zakresie najlepszych praktyk w oparciu o wiedzę i dane naukowe.
Najnowszy raport ECDC oraz WHO Europe dot. sytuacji HIV/AIDS w państwach Unii Europejskiej oraz Europejskiego Obszaru Gospodarczego w roku 2014 jest dostępny pod adresem internetowym:
